มีโครงสร้างองค์กร แบ่งเป็น2ส่วน คือ

1)การตรวจสถานที่เกิดเหตุ เป็นการทำงานของนักวิทยาศาสตร์ ซึ่งออกไปยังสถานที่เกิดเหตุในคดีต่างๆ เช่น เหตุระเบิด ฆาตกรรม เพลิงไหม้ เพื่อค้นหาและตรวจเก็บวัตถุพยานด้วยกระบวนการทางวิทยาศาสตร์อย่างเป็นระบบ มีการจดบันทึกรายละเอียดลงในเอกสาร ภาพถ่ายของสถานที่เกิดเหตุและหลักฐานต่างๆที่ตรวจพบ จัดทำแผนที่ แผนผังของสถานที่เกิดเหตุ และส่งมอบวัตถุพยานเพื่อดำเนินการต่อไป โดยกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับวัตถุพยานทั้งหมด ต้องเป็นไปตามหลักของห่วงโซ่การครอบครองวัตถุพยาน (Chain of Custody)

2)การตรวจพิสูจน์หลักฐาน เป็นการตรวจวิเคราะห์พยานหลักฐานในห้องปฏิบัติการ แบ่งได้6กลุ่มงาน ได้แก่

กลุ่มงานที่ 1 :ตรวจอาวุธปืนและเครื่องกระสุน

ทำหน้าที่ตรวจพิสูจน์ของกลางเกี่ยวกับอาวุธปืน กระสุนปืน ปลอกกระสุนปืน และลูกกระสุนปืน โดยมุ่งเน้นการตรวจพิสูจน์เปรียบเทียบด้วยเครื่องมือทันสมัย เพื่อเชื่อมโยงอาวุธปืนกับเหตุการณ์ที่มีการใช้อาวุธปืนเข้าด้วยกัน ด้วยเครื่องIBIS (Integrated  ballistics  identification system)การตรวจพิสูจน์หาร่องรอยการขูดลบแก้ไขเลขหมายประจำปืนและเครื่องหมายทะเบียนปืน นอกจากนี้ยังมีการตรวจหาวิถีกระสุนปืนรวมถึงการตรวจหาเขม่าปืนที่มือผู้ต้องสงสัยด้วยเครื่องAAS (Atomic Absorption Spectrophotometer)

กลุ่มงานที่2 :ตรวจลายนิ้วมือแฝง

ทำหน้าที่ตรวจพิสูจน์ลายนิ้วมือ ฝ่ามือ ฝ่าเท้าแฝง ที่ได้จากสถานที่เกิดเหตุในคดีต่างๆ โดยนำมาเปรียบเทียบกับลายนิ้วมือ ฝ่ามือ ฝ่าเท้าของบุคคลต้องสงสัยรวมถึงการตรวจพิสูจน์เปรียบเทียบกับฐานข้อมูลลายนิ้วมือของกองทะเบียนประวัติอาชญากรหรือAFIS (Automated  fingerprint  identification  system)ที่มีจำนวนมากกว่า10ล้านข้อมูล และฐานข้อมูลลายนิ้วมือในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้

กลุ่มงานที่3 :ตรวจชีววิทยาและดีเอ็นเอ

ทำหน้าที่ตรวจพิสูจน์วัตถุพยานประเภทชีววิทยาและดีเอ็นเอที่ได้จากสถานที่เกิดเหตุและบุคคลต้องสงสัย โดยมุ่งเน้นในการตรวจหาสารพันธุกรรมหรือดีเอ็นเอเพื่อหาความสัมพันธ์นำไปเชื่อมโยงกับฐานข้อมูลดีเอ็นเอที่ได้จัดทำไว้ ทำให้สามารถเชื่อมโยงเหตุการณ์จากวัตถุพยานกับวัตถุพยานและสามารถชี้ถึงบุคคลที่เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ได้อย่างชัดเจน

กลุ่มงานที่4 :ตรวจยาเสพติด

ทำหน้าที่ตรวจพิสูจน์วัตถุพยานในคดียาเสพติด เช่น ยาบ้า ยาไอซ์ เฮโรอีน พืชกระท่อม โดยใช้เครื่องมือทางวิทยาศาสตร์ในการตรวจวิเคราะห์ โดยที่มีการตรวจด้านคุณภาพวิเคราะห์ คือ การตรวจพิสูจน์ว่ายาเสพติดของกลางเป็นยาเสพติดหรือไม่และชนิดใด และตรวจด้านปริมาณวิเคราะห์ คือ การพิสูจน์หาปริมาณของสารเสพติดที่อยู่ในยาเสพติดของกลาง รวมทั้งการตรวจยาเสพติดในแหล่งผลิตยาเสพติด และการตรวจวิเคราะห์เพื่อศึกษาองค์ประกอบของทางเคมีในยาเสพติด โดยมีการจัดทำเป็นระบบฐานข้อมูลยาเสพติดที่ทำการตรวจพิสูจน์ทั้งลักษณะ รูปร่าง รูปแบบ และสารเสพติดที่ตรวจพบ(Drug profile)เพื่อการศึกษาเปรียบเทียบ แบ่งประเภทและสืบหาถึงแหล่งที่มาของยาเสพติดนั้นๆ

กลุ่มงานที่5 :ตรวจเอกสาร

มีหน้าที่ตรวจเอกสาร วัตถุร่องรอยและเงินตราปลอมแปลง เช่นการตรวจพิสูจน์ลายมือชื่อ ตัวอักษรพิมพ์ดีด ชนิดกระดาษ ชนิดหมึก ร่องรอยการขูดลบแก้ไขเอกสารธนบัตรและเงินตรา รอยตราประทับแม่พิมพ์และเครื่องหมายการค้า และรูปรอยค้อนเหล็กตราประทับที่ไม้ของกลาง

กลุ่มงานที่ 6 ตรวจทางเคมี ฟิสิกส์

เป็นกลุ่มงานที่นำหลักการทางเคมีและฟิสิกส์มาประยุกต์ใช้ในการตรวจพิสูจน์วัตถุพยานในคดีต่างๆ เช่น การตรวจหาชนิดของวัตถุระเบิด การตรวจสารเคมี น้ำมันเชื้อเพลิง สารไวไฟ วัตถุปลอมปน การดัดแปลงแก้ไขมิเตอร์ไฟฟ้า อุปกรณ์ไฟฟ้า การหลอมละลายของโลหะทองแดงเนื่องจากไฟฟ้าลัดวงจร การเปรียบเทียบกระจก สี ดิน ทราย ลักษณะการขาดหรือการแตกหักของวัสดุ การตรวจเปรียบเทียบวัตถุพยานต่างๆ ตลอดจนการตรวจชนิดของเส้นใยจากป้ายผ้ารูปแบบ

กลุ่มงานที่ 7 : ตรวจพิสูจน์อาชญากรรมคอมพิวเตอร์

มีหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานตรวจพิสูจน์พยานหลักฐานและของกลางในคดีที่เกี่ยวกับคอมพิวเตอร์และเทคโนโลยี โดยปฏิบัติหน้าที่ดังนี้

           ๑.ปฏิบัติงานธุรการ งานสารบรรณ สถิติผลการปฏิบัติงานของกลุ่มงาน

           ๒.ตรวจพิสูจน์ข้อมูลดิจิตอลที่บันทึกในหน่วยบันทึกข้อมูลหรือหน่วยความจำคอมพิวเตอร์

           ๓.ตรวจพิสูจน์คอมพิวเตอร์และอุปกรณ์คอมพิวเตอร์

           ๔. ตรวจพิสูจน์การตัดต่อสื่อบันทึกเสียงและวีดีทัศน์

           ๕.ตรวจพิสูจน์เปรียบเทียบร่องรอยบนแผ่นซีดี

           ๖.ดำเนินการจัดทำรายงานการตรวจพิสูจน์ รับ-ส่งของกลาง เก็บรักษาของกลางและสำเนารายงานการตรวจพิสูจน์

           ๗.งานอื่น ๆ ที่ผู้บังคับบัญชามอบหมาย

           ๘.งานอื่นๆ ตามที่ผู้บังคับบัญชามอบหมาย